火红版口袋妖怪中共有8只可捕捉的神兽，包括三圣鸟（急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟）、超梦、三圣兽（雷公、炎帝、水君）以及梦幻。这些神兽分布在不同地点，部分需要完成特定剧情或条件才能触发捕捉。其中三圣鸟和超梦为固定位置神兽，三圣兽则根据初始精灵选择随机出现一只，梦幻为隐藏神兽需特殊方法触发。
急冻鸟位于双子岛最深处，需用冲浪技能抵达并通过推岩石堵住瀑布的谜题才能遭遇，等级为50级。闪电鸟在无人发电厂最底层，火焰鸟在1号岛灯火山顶，两者均为50级且无前置条件限制。超梦需通关一周目并完成4-7号岛剧情后，在华蓝洞窟底层以70级形态出现，建议携带恶系或虫系宝可梦应对其超能属性。
三圣兽的遭遇机制较为特殊，初始选择小火龙则地图随机出现水君，选择妙蛙种子对应炎帝，杰尼龟对应雷公，等级均为40级且会主动逃跑。建议使用黑色眼神或踩影特性限制其行动。梦幻需在红莲岛研究所取得秘密钥匙后，在特定房间使用冲浪技能触发，等级为30级且出现概率极低。
捕捉神兽时需注意其专属技能组合，如急冻鸟的心之眼+绝对零秒连招、闪电鸟的十万伏特+啄钻等。推荐将目标血量削弱至1/3以下，配合睡眠或麻痹状态提升捕获率。大师球建议保留给超梦或随机游走的三圣兽，其余神兽可使用高级球或时间球进行捕捉。
完成全神兽收集后可解锁特殊剧情，大木博士会授予传说训练师称号。需注意部分神兽如三圣兽需通过无线通信交换才能集齐，单机模式下仅能获取其中一只。游戏内神兽数据与图鉴编号对应为：急冻鸟144、闪电鸟145、火焰鸟146、超梦150、梦幻151、雷公243、炎帝244、水君245。
