通关一周目后，读取存档即可进入二周目，初始地点位于自家门前。大木博士会主动出现，询问玩家图鉴收集情况。若已收服超过60种宝可梦，博士会协助升级至全国图鉴模式。随后前往精灵联盟挑战四天王时，会发现冰系天王科拿暂时离开，无法继续挑战。需从枯叶市乘船前往一岛，在岛屿的网络中心与NPC对话，得知修复机器需要红宝石，由此开启二周目的核心任务链。
前往灯火山是获取红宝石的关键步骤。从一岛右侧冲浪抵达光辉之路，沿途洞穴内的灯光温泉可回复宝可梦状态，并获取HM06碎岩技能。登上灯火山后，进入左侧洞穴顶层可遇见火焰鸟，尝试收服后下山。在山脚右侧会遭遇两名火箭队余党，击败他们并进入守卫的洞穴，在最深处取得红宝石。将红宝石交还网络中心的NPC，会触发后续任务：寻找对应的蓝宝石，同时获得彩虹通行证，解锁七岛之间的航行权限。
四岛剧情中会短暂遇到劲敌小茂，但不会发生战斗。冲浪进入科拿家右侧的冰洞，利用碎冰机制攀爬至右下角获取HM07攀瀑，登上瀑布后协助科拿击败火箭队，得知其下一个目标是五岛仓库。五岛仓库需密码进入，而密码需在六岛洞穴内获取。六岛的标记森林栖息大量虫系宝可梦，穿过森林后进入洞穴，按上、左、右、下顺序掉落可找到蓝宝石，但会被NPC抢走并留下仓库密码。返回五岛输入密码进入仓库，击败守卫后夺回蓝宝石。
完成七岛任务后，返回一岛交付蓝宝石，修复通信设备。可前往七岛的训练师塔挑战高难度对手，或探索山谷中的未知图腾遗迹。若未收服三神鸟，需抓紧时机：闪电鸟位于无人发电厂深处，火焰鸟在灯火山顶层，急冻鸟需在双子岛用怪力堵住水道后冲浪抵达。最终任务为华蓝洞窟的LV70超梦，需用碎岩清理道路并做好等级压制准备。二周目流程至此基本结束，但玩家仍可自由探索七岛与关都地区的隐藏内容。
