前往一之岛、二之岛和三之岛的核心条件是获得行船票。玩家需要先击败关都地区的8个道馆馆主和精英四，成为宝可梦联盟冠军后，与塞莉市镇的大木博士交流完成任务，才能获得前往群岛的资格。大木博士的助手会给予玩家行船票，凭借这张票可以在任意时候乘坐渡轮前往岛屿。塞莉市镇南部的海港停靠着渡轮海狮号，与之对话选择目的地即可启程。
一之岛的交通方式相对简单，从塞莉市镇海港乘坐海狮号直达。抵达后可以探索岛上景点如火山洞穴和宝贝屋，火山洞穴内有特殊岩石属性宝可梦和传说中的火属性宝可梦，宝贝屋则提供宝可梦交换和小活动。需游戏并不允许随时前往一之岛，必须满足特定条件时海狮号才会开放对应航线。部分玩家通关后可能需要先找博士升级图鉴到386版，才能继续前往其他岛屿。
二之岛和三之岛的交通同样依赖海狮号渡轮服务。从一之岛返回海港后，可以再次与渡轮对话选择后续目的地。二之岛的主要区域包括沙滩和研究中心，玩家需要帮助研究员完成任务并清除火箭队成员。三之岛则涉及解救游戏厅老板女儿的任务线，需要穿过特定森林区域。前往这两个岛屿时，建议队伍中配备擅长水系或草系攻击的宝可梦，以应对岛上常见的训练师对战。
后期往返各岛屿时，玩家可以结合冲浪技能进行快捷移动。例如从浅红市使用冲浪来到双子岛，或从真新镇沿水路向下冲浪直达红莲岛。部分隐藏区域如急冻鸟所洞穴，需要先用劲力技能推动岩石减缓水流才能进入。游戏后期解锁的飞翔术也能直接飞往已访问过的岛屿城镇，大幅提升移动效率。
各岛屿间的交通网络构成了游戏后期探索的关键框架。玩家需注意主线任务推进程度会影响航线开放状态，建议在获得行船票后优先完成各岛的核心任务，确保后续往返不受限制。岛屿区域分布着稀有宝可梦和重要道具，合理规划交通路线能显著提升收集效率。
