开启二周目的核心条件是必须完整通关一周目，即完成所有主线任务并解锁基础结局。一周目通关后，系统不会自动提示二周目入口，需手动返回主菜单选择新游戏选项。会弹出提示询问是否清除当前进度，确认后即可进入二周目。需二周目并非简单重复一周目流程，而是新增了密室、道具及隐藏剧情，部分谜题解法也会发生变化。
二周目初始场景与一周目相同，但会立即出现差异点。例如在灯塔附近的桥上可拾取第一个三角形石块，这是二周目新增的关键道具之一。灯塔二层的墙面提示内容会替换为密室开锁方法，而工厂区域则多出一个需要红色眼球激活的铁箱。这些新增元素需结合一周目已掌握的谜题逻辑进行交互，例如神庙二楼新增的六边形石门需集齐六块三角形石块才能开启，石块分布位置包括船舱左下角、工厂章鱼怪附近等场景。
二周目核心谜题围绕密室展开，需优先解开神庙二楼的密码机关。密码线索隐藏在金字塔门口的墙壁缝隙中，点击裂缝可查看制作人员名单，名单首尾的图案与密室密码锁对应。通过对比神秘雕像的触角数量，可推导出密码为49180375。输入密码后放置铁锥会触发NPC对话，获得金字塔密室的4325顺序密码。此阶段需注意，部分道具如红色眼球需从一周目继承，若未完成一周目则无法推进二周目关键剧情。
最终阶段需在金字塔密室完成钢管长度调整谜题，按NPC提供的4325顺序点击即可开启时空门。进入后点击海怪眼睛可触发二周目专属结局动画，同时解锁真相大白成就。二周目通关后仍可继续探索隐藏内容，例如收集剩余三角形石块或破解工厂铁箱的附加谜题。整个过程要求玩家综合运用一周目积累的解密经验，同时适应二周目新增的叙事碎片和机关逻辑。
