元宝作为核心货币，其使用范围虽广，但部分道具或功能仍存在明确限制。元宝无法直接购买某些稀有护法或特定装备，例如部分五星飞升护法仅能通过活动或特殊玩法获取，而非元宝商城直接兑换。部分高价值道具如特定金装、金法术等，需通过功德殿、夺宝或荡妖玩法积累资源兑换，元宝仅能用于加速进程而非直接解锁。
元宝在护法培养体系中也存在限制，例如护法飞升所需的魂蛋或特定材料无法完全依赖元宝购买，部分材料需通过仙灵店铺贡献值或副本掉落获取。尽管元宝可用于重置神通点或刷新扫荡冷却，但每日次数受VIP等级约束，非付费玩家每日可操作次数有限。类似限制也体现在洞府建设中，部分高级魔巢开启或捐献功能需结合银两与其他资源，元宝仅作为辅助消耗选项。
天书玩法中的环游型任务如采集、捕捉等环节无法通过元宝跳过，必须手动完成。元宝虽能购买体力加速探索进度，但天书奖励的领取存在时间间隔要求，无法通过元宝强制提前获取。部分限时活动如魔潮入侵的BOSS战复活机制中，前10次复活免费，后续需消耗元宝，但每日复活总次数仍受系统上限控制。
元宝在交易系统中的限制尤为明显，玩家间无法直接交易元宝或元宝购买的绑定道具。商城部分礼包如周礼包虽可用元宝购买，但内含护法或装备为随机产出，无法指定获取目标道具。摇钱树、星战等玩法产出的元宝奖励均为绑定，仅能用于基础功能消耗，进一步限制了元宝的流动性。需注意，合理规划元宝用途是避免资源浪费的关键。
