击败四大天王并成为联盟冠军后，游戏并未真正结束。玩家可以继续探索关都地区的隐藏内容，包括升级图鉴、解锁新岛屿、捕捉稀有神兽以及挑战火箭队残余势力。这些后续内容为游戏提供了更丰富的可玩性，同时也考验玩家对队伍培养和战术搭配的深度理解。
成为冠军后，首要任务是升级图鉴至386版。这一过程需要玩家收集超过60种不同的精灵，随后前往大木博士研究所完成图鉴升级。升级后的图鉴将解锁更多精灵信息，为后续探索提供数据支持。玩家可前往港口乘坐船只前往七岛区域，开启全新的冒险篇章。七岛分布着独特的生态环境和训练家，其中1号岛的火焰山是获取红宝石的关键地点，而红宝石是触发后续剧情的重要道具。
火箭队仓库是后期的重要挑战场景之一。在5号岛屿的仓库中，玩家需要破解密码并击败现任火箭队首领。仓库内部结构复杂，包含多个机关和强力训练家，建议提前准备恢复道具和针对性队伍。成功夺回蓝宝石后，将其交给1号岛的科学家可解锁与宝石版游戏的通信功能。4号岛屿的冰洞中藏有秘传机器07（登瀑布），需协助冰系天王击败火箭队成员才能获得。
火焰鸟位于1号岛灯火山顶部，急冻鸟在双子岛深处，而闪电鸟则栖息于无人发电厂。捕捉这些神兽需要解决地形谜题并应对高难度战斗，建议携带大师球或具备睡眠、冰冻等控制技能的精灵。华蓝洞窟是另一个隐藏地点，需通过特定路线抵达深处，这里栖息着超梦，其战斗难度远超主线剧情中的对手。
